Năm 600, Văn Đế phế Dương Dũng, lập Dương Quảng. Năm 604, Văn Đế mất, Dương Quảng nối ngôi, xưng là Dượng Đế. Dượng Đế sai triệu Cao Quýnh về triều, phong Thái thường khanh. Dượng Đế thích âm nhạc, Cao Quýnh nói với thái thường Thừa Lý rằng lễ nhạc có thể làm mất nước như Tuyên Đế nhà Bắc Chu xưa kia, Dượng Đế nghe được, rất tức giận.

Năm 607, Dượng Đế đến Du Lâm[5]. Khả hãn Khải Dân của Đông Đột Quyết đến triều kiến, Dượng Đế ban cho rất nhiều vàng bạc của cải. Cao Quýnh nói với Thái thường khanh Hà Trù việc này có thể để lại hậu hoạn. Dượng Đế tức giận, lấy tội danh phỉ báng triều đình, sai giết chết Cao Quýnh. Năm đó ông 67 tuổi. Vợ con ông bị đày ra biên cương. Hai đại thần Hạ Nhược Bật và Vũ Văn Bật cũng chết trong vụ việc này.

Người con trai của Cao Quýnh là Thịnh Đạo, sang thời Đường được bổ dụng đến chức Thứ sử Cử châu. Con thứ là Hoằng Đức được phong Ứng quốc công, làm thư ký trong phủ Tấn vương Lý Trị (sau này là Đường Cao Tông). Người con út là Biểu Nhân, vốn thành hôn với con gái Dương Dũng, được phong Bột Hải quận công.